Antes de 1960 se hizo la construcción de una estructura metálica para colocar a 20m del nivel del terreno un tanque metálico elevado. El agua era bombeada por una motobomba de 3 HP al tanque que tenía capacidad de almacenar 25000 litros de agua; luego el agua se distribuía por gravedad a la población a través de una tubería instalada en 1975, la población se concentraba en el sector que hoy se conoce como Centro.

Hasta el año de 1970, al agua que provenía del rio Subachoque no se le realizo ningún tipo de tratamiento químico y se suministraba cruda. En este año, EMPOCUNDI que era la entidad responsable de la prestación del servicio construyó una planta de tratamiento en concreto de 25 l/s contratando los servicios de la firma ACUASISTEMAS; en ese tiempo Funza tenía alrededor de 5000 habitantes y en la planta se trataba alrededor de 3 a 4 l/s. El tratamiento químico consistía en agregar sulfato de aluminio y cal.

En 1980 la población había crecido a 10000 habitantes y el caudal tratado era de 5 a 7 l/s. En el año 1988 durante la primera alcaldía por elección popular se hace la perforación del primer pozo profundo para tener otra alternativa de fuente de abastecimiento debido a que la población había crecido y el agua del Rio Subachoque no era suficiente, aun así se tenía que traer agua potable de Bogotá.

En el año de 1992 EMPOCUNDI le entregó el Acueducto al Municipio y la administración empezó a ser realizada por la alcaldía local. Durante este año se hace la construcción de una nueva planta de tratamiento compacta en concreto para 20 l/s contratando los servicios de la firma Acuasistemas, con el objeto de ampliar la capacidad de tratamiento pues el caudal del pozo era de 25 l/s; en ese momento la planta convencional quedó con 25 l/s de agua de pozo y la planta compacta de 10l/s, caudal máximo que proveía el agua del rio Subachoque y que en ese mismo año se agotó.

En el año de 1995 se realizó la conducción para tomar agua del humedal Gualí-Tres Esquinas, pues el crecimiento de la población era mayor al 5% y se hizo necesario cubrir la demanda con esta nueva fuente de abastecimiento. Debido a la mala calidad de esta agua, se incrementaron los problemas gastrointestinales en la población y se presentaron muchas acciones populares en contra de la calidad del agua suministrada.

A raíz de lo anterior en el año 1995 se hizo la conducción que traería el agua de Bogotá hacia el municipio de Funza desde la localidad de Fontibón. En marzo de 1996 se hace la apertura oficial de la válvula para suministrarla al municipio junto al agua tratada proveniente del pozo profundo y del humedal Gualí-Tres esquinas. El suministro de agua de Bogotá no se hizo continuamente por razones de altos costos.

En 1998 el pozo profundo colapsó por los temblores ocurridos en este año y como fuente de abastecimiento propia quedo solo agua del humedal. Se siguieron presentando problemas de salubridad en la población y se decidió quitar como fuente el agua del humedal y dejar suministro continuo el agua de Bogotá en el horario de 4:00 a.m. a 8:30 p.m. Durante este año y de acuerdo con la Ley 142 de 1994 de servicios Públicos Domiciliarios y su decreto reglamentario No. 034 de diciembre 4 de 1995 presentando los servicios a la cabecera municipal y en la zona rural a las veredas el Coclí, Siete Trojes y el Hato, considerados como barrios del Municipio. La EMAAF ESP, fue fundada como una empresa industrial y comercial del estado, con estatutos aprobados por el Concejo Municipal de Funza.

En el año de 1997 se hizo la perforación de un segundo pozo profundo para abastecer nuevamente con fuente propia al Municipio entrando en operación en abril de 1998 con un caudal de 40 l/s tratando entre las dos plantas existentes. Según las pruebas de bombeo efectuadas para este pozo y de acuerdo al diámetro en el que se construyó el pozo, el caudal máximo de explotación era de 60 L/s. Por ello, se hizo necesario ampliar la capacidad de tratamiento y en el año 2000 se contrató la construcción de una planta de tratamiento convencional compacta en lamina, con una capacidad de 50 L/s con la firma Acuatecnica.

Actualmente, el pozo tiene una capacidad de explotación de 58 L/s, quedando la operación del sistema de tratamiento en la actualidad con 33 L/s en la planta compacta en lámina, 25 L/s en la planta convencional en concreto y 7L/s en la planta compacta en concreto para reciclar el agua de lavado de filtros.

A comienzos de 2003 se hizo la perforación de un nuevo pozo profundo ubicado a 800 m de las instalaciones de la EMAAF, con el objeto de aumentar autosuficiencia hídrica y poder disminuir en un mínimo el consumo de agua de Bogotá, pues el costo por metro cubico producido de agua de pozo es aproximadamente la mitad del costo por metro cubico de agua que la EAAB le vende a la EMAAF mediante la modalidad de venta en bloque.

A finales del año 2011 se inició la perforación de un nuevo pozo profundo en la vereda el Coclí en el sector de Tienda Nueva, para el mes de abril de 2013 se terminó y en esta misma vigencia se iniciaron todas las adecuaciones para el tratamiento, almacenamiento, impulsión y conexión con la red de distribución.

La EMAAF en el año 2012 realizó una inversión cercana a los 2.493 millones de pesos en la adquisición de dos plantas de tratamiento de agua potable con una capacidad de tratar 30 litros por segundo, la construcción de un tanque de almacenamiento con una capacidad cercana a los 350 metros cúbicos, una estación de bombeo con capacidad de 90 litros por segundo, la construcción de un laboratorio, sub estación eléctrica, cerramientos, oficinas, piscinas para el tratamiento de lodos así también se hizo necesaria la extensión de 1.350 metros lineales de 10 pulgadas de diámetro   para conectar la nueva planta con la red de distribución que abastece el casco urbano.

De igual forma en el mismo año se suscribió un convenio entre la Administración municipal y la EMAAF para la perforación de un pozo profundo en el barrio la Aurora con lo que se busca lograr el auto abastecimiento y garantizar la disponibilidad para el crecimiento económico local.